Фамилия Дудойть представляет собой польский вариант литовской фамилии Дудайте. В свою очередь, фамилия Дудайте образована от прозвища Дуда. Оно восходит к литовскому существительному dūda, которое переводится как «дудка, труба, свирель». Вероятно, именование Дуда указывает на род деятельности его обладателя. Такое прозвище мог носить музыкант или пастух, игравший на свирели, или мастер, занимавшийся изготовлением дудок. Так и прозвище Дуда закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Дудойть. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Дуда, со временем получил фамилию Дудойть.