Фамилия Дугонова — женская форма фамилии Дугонов. Мужской вариант встречается чаще, и именно его происхождение разбирают в первую очередь.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Дугон. Его корень, скорее всего, связан с диалектным глаголом «дугонить» или «дугонять». В разных говорах у этого слова несколько значений: «гнуть, сгибать в дугу», «упрямиться, капризничать» или «гнуть спину, работать до изнеможения». Какое из них легло в основу прозвища, сказать сложно, но каждое даёт свою картину: прозвище мог получить либо человек с крутым, неуступчивым характером (гнёт свою линию), либо, наоборот, тот, кто постоянно кланялся, работал на других, был «гнут» жизнью.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный прибавили суффикс -ов. Так образовывали фамилии в среде крестьян, мещан и духовенства, особенно после отмены крепостного права, когда паспортизация коснулась всех сословий. Форма Дугонова — это ответ на вопрос «чья?»: жена или дочь Дугона.

Географически фамилия редкая. Основные очаги её бытования — не центральные области, а скорее юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и некоторые регионы Сибири. Это косвенно указывает на то, что предки могли быть выходцами из казачьих областей или переселенцами, закрепившими прозвище на новом месте.

Версия о связи с тюркским корнем (например, от «дуган» — «родственник, близкий») маловероятна. Русская суффиксальная модель -ов и прозрачная внутренняя форма слова (Дугон — Дугонов) говорят в пользу славянского происхождения. Фамилия Дугонова — не переделка иноязычного имени, а прозвище, данное по характеру или поведению, и таких фамилий в русском ономастиконе большинство.