Фамилия Духончено — один из тех редких случаев, когда написание подсказывает географию бытования точнее, чем корень. Форма на -енко (а не -ко) указывает на украинское происхождение: в русском языке эта модель фамилий не продуктивна. Суффикс -енко означает «маленький», «сын» или «потомок», то есть Духонченко — «сын Духонка» или «потомок того, кого прозвали Духонком». Сама основа «Духон-» восходит к слову «дух» в одном из его древних значений.

Здесь возможны две версии. Первая, более прямая: прозвище Духонок могли дать человеку с сильным духом, стойкому или, наоборот, вспыльчивому — в народной речи «духом» называли и характер, и нрав. Вторая версия связана с профессиональным прозвищем: в некоторых говорах «дух» означало запах, а «духоня» — того, кто работает с пахучими веществами (например, кожевник или травник). В таком случае Духоненко — это «сын кожевника» или «сын того, кто знается с травами».

Написание через «о» (Духончено, а не Духонченко) — это не ошибка, а следствие адаптации фамилии в русской среде. В украинском языке ударение падает на «о» в суффиксе, и при записи в российских документах XIX века окончание нередко упрощали до «о» на слух. Поэтому фамилия могла закрепиться именно в форме «Духончено» у тех носителей, чьи предки переселились из Малороссии в центральные или южные губернии России.

Интересно, что фамилия очень редкая. В современных справочниках и базах данных она почти не встречается, что говорит о локальном бытовании — возможно, в одном-двух сёлах бывшей Черниговской или Полтавской губернии. Однокоренные фамилии вроде Духов, Духин, Духновский распространены шире, но Духончено выделяется именно суффиксом, который указывает на конкретную модель украинской антропонимии XVII–XVIII веков.