Фамилия Духоненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, характерной прежде всего для Украины. Суффикс -енко, один из самых продуктивных в украинской ономастике, изначально был уменьшительным или указывал на «маленького», а затем закрепился как патронимический — «сын такого-то». То есть Духоненко в основе означает «сын Духона» или «потомок Духона».

Разбор начинается с корня «дух». В древнерусском языке слово «дух» имело широкий спектр значений: от «дыхание», «жизненная сила» до «сверхъестественное существо», «призрак», «запах». Прозвище Духон, от которого и пошла фамилия, могло закрепиться за человеком по разным причинам. Самая прямая версия: так могли назвать человека с необычным, «духовным» складом характера — мечтательного, вдохновенного или, наоборот, того, кого считали странным, «не от мира сего». В народной среде прозвище могло быть и ироничным — для человека вспыльчивого, «горячего» или, напротив, едва живого, «чуть дышащего».

Менее очевидная, но правдоподобная версия отсылает к запаху. «Дух» в значении «сильный запах» (ср. «духовитый», «духмяный») могло стать прозвищем человека, связанного с пахучими травами, пряностями или, например, кожевенным ремеслом, где запах был неотъемлемой частью работы. В этом случае Духон — это «тот, кто приносит дух», либо человек с ярким, запоминающимся запахом.

Форма Духоненко, а не, скажем, Духов или Духин, чётко указывает на украинское или южнорусское происхождение. Фамилия довольно редкая, и её география, скорее всего, привязана к центральным или восточным областям Украины, где суффикс -енко был особенно распространён среди казачества и крестьянства. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в основном в великорусских землях, Духоненко — маркер происхождения из среды, где патроним на -енко был нормой для всех сословий, а не только для элиты.

В написании фамилии нет никаких орфографических ловушек: она пишется так, как слышится. Редкость фамилии делает её носителей, вероятно, потомками одной или нескольких родственных ветвей, не распавшихся на множество разных линий. Таким образом, Духоненко — это фамилия-загадка, где за простым корнем «дух» может скрываться и прозвище по характеру, и намёк на ремесло, и народная ирония.