Фамилия Духонкин — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается неожиданный простор для версий. Её основа — «Духоня» или «Духонька» — звучит как ласкательное или уменьшительное имя, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Духонкин, то есть сын или потомок Духони.

Самое прямолинейное объяснение: прозвище или неканоническое имя Духоня могли дать человеку с лёгким, «духовным» характером, либо, напротив, насмешливо — тому, кто слишком много говорил о высоких материях. Но в народной среде слова с корнем «дух-» нередко имели и вполне бытовые, даже грубоватые оттенки. В диалектах «духоня» могло означать нечто душное, спёртое, а иногда — просто «запах» (от «дух» в значении «запах»). Так могли прозвать человека, который жил в тесноте, работал в душном помещении, или же того, кто отличался резким, неприятным запахом — например, кожевника или рыбака. В этом смысле фамилия Духонкин стоит в одном ряду с Духовым, Духаниным, Душиным.

Суффикс -оня (как в именах Антон, Семён, но в уменьшительной форме) встречается в русских фамилиях нечасто, что делает Духонкина более редким вариантом, чем, скажем, Духов или Духовников. Есть и ещё одна версия, менее очевидная: фамилия могла возникнуть от имени Дорофей через его просторечную форму Духоня. Дорофей — греческое имя, означающее «дар Божий», и в народе оно сокращалось до Дороха, Дороша, а в некоторых говорах — до Духони. Если так, то Духонкин — это «внук Дорофея», и его корни уходят не в прозвище, а в крестильное имя.

География фамилии не широкая, но устойчивая: Духонкины встречаются преимущественно в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Ивановской областях. Это типично крестьянская фамилия, образованная в среде, где отчество или прозвище отца закреплялось за детьми без изменений. Сословной элиты среди Духонкиных не было — фамилия не попала в дворянские родословные книги, что только подтверждает её народное происхождение. Разобраться, какая из версий верна для вашей конкретной ветви, можно только по архивным документам: метрическим книгам или ревизским сказкам, где имя-основа будет записано полностью. Но в любом случае, Духонкин — это фамилия, которая хранит в себе либо бытовую меткость прозвища, либо память о редком крестильном имени, а может, и то и другое сразу.