Фамилия Духон — редкий случай, когда основа слова вызывает больше вопросов, чем суффикс. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -он, характерный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий (сравните: Голубонь, Соломон, Хоронь). Он часто указывает на прозвище, а не на отчество от крестильного имени. То есть Духон — это не «сын Духа», а человек, получивший прозвище Дух или Духо.

Корень «дух» в славянских говорах многозначен. В северных и центральных областях России «дух» — это не только бесплотное существо, но и запах, дыхание, жар печи, а в переносном смысле — вспыльчивый, горячий человек. «Экой ты дух!» — могли сказать про того, кто быстро закипает, не терпит возражений. Вторая версия, более прозаичная, отсылает к ремеслу: в некоторых диалектах «дух» — это поддувало в печи, кузнечный мех или даже сам кузнец, работающий с огнём. Тогда Духон — прозвище кузнеца или печника.

Спор о том, связана ли фамилия с церковным именем Дух (от Святого Духа), маловероятен. В святцах такого имени нет, а прозвищные фамилии на -он обычно не образуют от богословских терминов — это скорее бытовая, земная ономастика. Географически фамилия Духон встречается разрозненно, но чаще в Смоленской, Брянской областях и на востоке Беларуси — в зоне смешения русских и белорусских говоров, где суффикс -он особенно продуктивен. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно крестьянами и мещанами, без следов дворянского корня.

Таким образом, предки человека с фамилией Духон, скорее всего, были людьми с горячим нравом — либо кузнецами, печниками, чья работа была связана с огнём и воздухом. Прозвище закрепилось за одним человеком, а затем перешло к потомкам, утратив первоначальный оттенок.