Фамилия Духонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Духонин послужило мирское имя Духоня. По одной из версий, мирское имя Духоня связано со словом «дух» не в значении «сверхъестественное существо», а «душа». Таким образом, имя Душата буквально означало «наделенный душой», «дышащий» (или «живой»). Согласно другой версии, имя Духоня является производной формой южнославянского имени Духослав. Вероятно, именем Духоня нарекали ребенка, когда желали ему обладать силой воли и духа и прославиться благородными поступками. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Духоня, со временем получил фамилию Духонин. Так, в Книге памяти Омской области записан Духонин Михаил Михайлович, который родился в 1878 году в Омской области (Называевский р-н, д. А в Книге памяти Тюменской области упоминается Духонин Николай Андреевич, рожденный в 1880 году в селе Половинка Челябинской области. О точном месте и времени возникновения фамилии Духонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Духонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.