Фамилия Духонин — яркий пример того, как за привычным окончанием «-ин» может скрываться неочевидная и глубокая основа. Вопреки первому впечатлению, её корни, скорее всего, не связаны с «духом» как с бесплотным существом. Ономасты выводят фамилию от мирского имени Духоня, которое в древнерусской традиции соотносили не с потусторонним, а с внутренним миром человека — словом «дух» в значении «душа», «дыхание», «жизненная сила». Имя Духоня (или близкое к нему Душата) буквально означало «живой», «дышащий», «наделённый душой». Это было пожелание ребёнку жизненной силы и крепости духа.

Существует и альтернативная, менее распространённая версия: имя Духоня могло быть производной формой южнославянского имени Духослав. В таком случае акцент смещается с просто «жизненности» на пожелание «прославиться силой духа» и совершать благородные поступки. Обе версии сходятся в главном: фамилия образована не от прозвища, а от охранительного или пожелательного имени, которое давали ребёнку.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?») — «сын Духони». То есть первоначально Духонин — это потомок человека по имени Духоня.

Документальные подтверждения бытования фамилии разбросаны по разным регионам. В Книге памяти Омской области записан Духонин Михаил Михайлович (1878 г.р.) из Называевского района. В Книге памяти Тюменской области упоминается Духонин Николай Андреевич (1880 г.р.) из села Половинка Челябинской области. Эти записи подтверждают, что к концу XIX века фамилия уже прочно закрепилась в Сибири и Зауралье, куда, вероятно, была принесена переселенцами из центральных или северных губерний России.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий. Однако в основе фамилии Духонин лежит не случайное прозвище, а осмысленный акт имянаречения, что делает её ценным свидетельством народных верований и представлений наших предков о душе и жизненной силе.