Фамилия Духонькин — редкий пример, где основа почти наверняка не связана с «духом» или «духовностью», а восходит к конкретному, почти бытовому прозвищу. В центре внимания здесь суффикс -оньк-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на уменьшительно-ласкательную форму. Если бы фамилия образовалась от полного имени или прозвища, суффикс был бы другим, скорее -ов или -ин. А -оньк- выдает прозвище, данное с оттенком фамильярности или жалости.

Самая вероятная основа — слово «дух» в значении «запах», «аромат» или, наоборот, «духотища». В русских говорах «духонька» могли называть человека с сильным, резким запахом — либо от работы (кожевник, рыбак, смолокур), либо просто неряшливого. Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная: прозвище Духонька от глагола «душить» — так могли прозвать человека, который занимался удушением животных (например, на бойне) или, в переносном смысле, притеснял других. Однако первая версия проще и чаще встречается в ономастике: фамилии на -оньк- (Бабонькин, Мамонькин, Дедонькин) почти всегда идут от бытовых, нецерковных прозвищ.

В географическом плане фамилия Духонькин тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, где были распространены уменьшительные формы на -онька. В северных и сибирских регионах она почти не встречается. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — людьми, чьи прозвища записывали по живому произношению, без книжной обработки.

В целом фамилия Духонькин — не про абстрактное, а про осязаемое: запах, работу, быт. Её носитель изначально был не «духовным лицом», а человеком, за которым закрепилось меткое уличное прозвище, возможно, не самое лестное, но точное.