Фамилия Дуксина — женская форма мужской фамилии Дуксин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Дукса. В основе лежит слово «дукса» — так в старых русских говорах могли называть важного, гордого человека, возможно, с оттенком иронии. Слово это заимствованное: через польское «duks» или немецкое «Herzog» (герцог) оно восходит к латинскому «dux» — «вождь, предводитель». В древнерусском языке «дукса» фиксируется как обозначение знатного лица, но в народной среде прозвище чаще всего давали не за реальное происхождение, а за манеру держаться свысока или за громкий голос.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Дуксин — «сын Дуксы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, форма на -ин чаще встречается в северных и центральных регионах России, особенно в бывших новгородских землях. Поэтому Дуксины могли первоначально жить в районе Вологды, Архангельска или Костромы.

Есть и менее вероятная, но лингвистически возможная версия: связь с литовским «duksas» — «золото». В этом случае прозвище Дукса мог получить ювелир, позолотчик или просто человек с рыжими волосами. Однако для русской ономастики такая версия экзотична и не подкреплена массовыми примерами — куда естественнее объяснение через «герцога» или «важного человека».

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии Дуксина оно обычно падает на первый слог — Дýксина. Это отличает её от возможного созвучного варианта с ударением на «и», который мог бы возникнуть под влиянием украинского или белорусского произношения.

В дореволюционных документах фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан — то есть предки носительницы фамилии были не потомками знати, а людьми, получившими насмешливое или, наоборот, уважительное прозвище за свой характер или внешность. Сословной элиты среди Дуксиных не прослеживается: фамилия осталась в простонародной среде, что типично для прозвищной модели без патронимического суффикса -ович.