Фамилия Дуксова — женская форма фамилии Дуксов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Первое, что приходит на ум — связь со словом «дукс» (лат. dux — «вождь, предводитель»). В римской истории так называли военачальников, а в Средневековье — герцогов. Но для крестьянской или мещанской России, где фамилии в основном складывались в XV–XIX веках, прямое заимствование из латыни маловероятно. Скорее всего, перед нами редкий случай, когда фамилию мог получить семинарист: в духовных училищах будущим священникам нередко давали «искусственные» фамилии на латинской или греческой основе — например, Дукс (от «вождь»). Такая фамилия звучала бы торжественно и намекала бы на руководящую роль в церкви.

Однако есть и более прозаичная, но правдоподобная версия. В русских говорах слово «дукс» или «дукса» могло быть местным прозвищем — например, от диалектного «дукать» (дуть, пыхтеть, тяжело дышать) или от «дук» (вид насекомого, жук). В ономастике такие случаи — когда прозвище давали по поведению или внешности — встречаются часто. Если человек был медлительным, тяжеловесным или, наоборот, суетливым, его могли прозвать Дуксом, а потомков записать как Дуксовы.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели: основа «Дукс» + патронимический суффикс «-ов». Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где преобладала великорусская традиция именования по отцу (чей? — Дуксов). Суффикс «-ов» — самый распространённый в центральной и северной России, что позволяет предположить: носители фамилии могли жить в Ярославской, Костромской или Вологодской губерниях, где такие модели типичны.

Фамилия редкая, в современных справочниках и базах данных она почти не встречается. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или фамилия со временем изменилась — например, слилась с более частотной Дуксовой (от «дук» в значении «ружейное дуло»). В любом случае, для носительницы фамилии Дуксова ключевой вопрос — выбрать версию, близкую по духу: либо торжественная семинарская история, либо бытовое прозвище, уходящее корнями в народную речь.