Фамилия Дуксин образована от прозвища или нецерковного имени Ду́кса. Основа — слово «дукс», которое в русских говорах имело несколько значений. В большинстве случаев так называли гордого, важного человека, возможно, с претензией на господство: латинское dux переводится как «вождь, предводитель». В северных и сибирских говорах «дуксой» могли назвать упрямца или брюзгу. Встречается и более прозаичное толкование: в некоторых регионах «дукс» — вид рыбы или даже название растения, но эти версии менее вероятны для фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Дуксин буквально означает «сын или потомок Дукси». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а или согласный. В отличие от более массовых фамилий на -ов, модель на -ин чаще встречалась в северных и центральных губерниях России, а также среди духовенства.

Фамилия редкая. В дореволюционных источниках Дуксины фиксируются в основном в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях. Встречаются и однокоренные варианты: Дуксинский (с польским или церковным оттенком) и Дуксинов (более поздняя искусственная форма). Поскольку основа нецерковная, фамилия могла возникнуть в крестьянско-мещанской среде, где прозвища давали по характеру.

В современной России Дуксины рассеяны, но заметного скопления нет. Словарь русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) относит эту фамилию к числу образованных от прозвищ с иностранным корнем, но укоренившихся в народной речи. Никакой связи с «герцогом» или дворянским титулом в русском быту не было — скорее ирония или насмешка над чванливым соседом.