Фамилия Дунилина образована от имени Дунила — татарской народной формы канонического имени Даниил. В переводе с древнееврейского Даниил означает «мой судья — Бог». Имя это в христианской традиции почитается особо: библейский пророк Даниил предсказал срок прихода Мессии и Его появление в Иерусалимском храме, и на эти пророчества, по свидетельству Нового Завета, ссылался сам Иисус Христос. Однако, несмотря на высокое происхождение имени, носитель имени Дунила, скорее всего, был человеком из простого сословия — в крестьянской и посадской среде полные церковные формы нередко заменяли на более короткие и привычные. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Дунилин, то есть сын, потомок Дунилы. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или обиходных имён, оканчивающихся на -а или -я. Таким образом, фамилия закрепилась за родом, в котором предка звали Дунилой, и передалась по наследству как указание на его имя.