Фамилия Душеина образована от мирского имени Душеня — уменьшительной формы древнего славянского имени Дух. Имя Дух, а также его вариант Душа, буквально означало «наделенный душой», «дышащий», то есть «живой». Такие имена были распространены в дохристианской традиции и не несли в себе мистического оттенка: они подчеркивали жизненную силу, естественное начало в человеке.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Душеин — это «сын Душени». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. Скорее всего, фамилия Душеина — вариант более распространенной фамилии Душенина, где чередование согласных связано с особенностями местного произношения или записи в документах.

Существует и вторая версия происхождения имени Душеня: его могли рассматривать как производную форму южнославянского имени Духослав. В этом случае имя несли с пожеланием ребенку обладать силой воли и духа, прославиться благородными поступками. Эта версия менее вероятна для северных и центральных русских земель, где фамилия встречается чаще, но полностью исключать ее нельзя — славянские именные связи были сложными и не всегда ограничивались одной территорией.

В отличие от многих фамилий на -ин, которые образованы от названий животных или профессий (Козин, Плотников), Душеина стоит особняком: ее основа уходит в абстрактное понятие «душа». Это делает фамилию редкой по семантике — она не привязана к ремеслу или внешности, а к внутреннему качеству, что нетипично для прозвищного именования.