Фамилия Двойниковы образована от прозвища Двойник. В основе этого прозвища лежит глагол «двоить», у которого было несколько значений. Скорее всего, Двойником называли человека по роду занятий: например, того, кто пахал землю «вдвойне», то есть перепахивал уже вспаханное, или того, кто в ремесле делал двойную работу, сдваивал нити, металл. Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвище дали из-за внешнего сходства: Двойником могли назвать человека, который был очень похож на кого-то из окружения, буквально «двойник». В русском быту такие прозвища нередко закреплялись как основные, вытесняя крестильное имя. Со временем прозвище Двойник легло в основу фамилии по стандартной модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а окончание -ы — на множественное число, характерное для русских фамилий в форме «Двойниковы» (как ответ на вопрос «Чьи будете?»). Таким образом, потомок человека с прозвищем Двойник стал Двойниковым, а вся семья — Двойниковыми. Фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодчины и Костромской губернии, где прозвища от глаголов были особенно распространены.