Фамилия Двойнишников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Двойнишник восходит к глаголу «двоить», у которого было несколько значений. Однако не исключено, что Двойнишником называли человека, который был внешне очень сильно на кого-то похож. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Двойнишник, со временем получил фамилию Двойнишников. О точном месте и времени возникновения фамилии Двойнишников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Двойнишников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.