Фамилия Дыненкова — женская форма фамилии Дыненков, и её разговорный вариант Дынинков встречается реже, чем стандартный. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать основу. Самое вероятное — в её основе лежит прозвище или имя Дын(я). В русских говорах «дыня» могла означать не только бахчевое растение, но и, в переносном смысле, полного, круглого человека или, наоборот, неповоротливого, медлительного (как «кабачок» или «арбуз»). В некоторых регионах так называли и лысого человека — по ассоциации с гладкой поверхностью плода. Таким образом, прозвище Дыня давали по внешности или характеру.

Словообразовательная модель проста: суффикс -енк(ов) характерен для фамилий, возникших от основ на -а/-я. Дын(я) → Дыненков — буквально «сын или потомок Дыни». Фамилии с таким суффиксом особенно распространены на юге России, в Черноземье и на Дону, где бахчеводство было традиционным занятием. Поэтому географически фамилия Дыненковы чаще всего встречалась в Воронежской, Курской, Ростовской областях и в прилегающих районах Украины.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «дынка» — это диалектное название индюка (от звукоподражательного «дын-дын»). Тогда прозвище Дыня могли дать человеку, который разводил индюков, или тому, кто ходил с важным, надутым видом, как индюк. Эта гипотеза слабее, поскольку связь с бахчевым растением прямее и подтверждается большим числом однокоренных фамилий — Дынин, Дыньков, Дыня.

Фамилия Дыненкова не относится к древним дворянским родам — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVII–XIX веках, когда прозвища активно превращались в наследственные именования. Встречается и вариант с ударением на первый слог — Ды́ненков, и на второй — Дыне́нков, что зависит от местной традиции произношения. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, но устойчивая в южнорусском ареале.