Фамилия Дынена — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза: окончание -а, которое в русском языке обычно указывает на женскую форму фамилии (Дынена — жена или дочь Дынена). Но в мужском варианте она звучала бы как Дынен, а не Дынин или Дынов, что сразу наводит на мысль о нерусской или диалектной основе.

Если разбирать корень «дын-», то напрашивается связь со словом «дыня» — бахчевая культура, известная в южных регионах России и Украины. Однако фамилия не Дынин (сын Дыни) и не Дынев, а именно Дынен. Это может быть адаптация украинской или белорусской фамилии Динен, где корень «дин» означал «шум, гам» (сравните: «диняти» — шуметь, кричать). В украинском языке слово «дин» — это шум, ссора. Тогда прозвище Дыня (или Дин) могли дать крикливому, беспокойному человеку, а суффикс -ен- (как в фамилиях Коваленко, Бондаренко) указывает на происхождение от такого прозвища, но в усеченной форме.

Вторая версия — топонимическая. На карте встречаются населенные пункты с корнем «Дын»: например, село Дыно в Польше или Дыня в Хорватии. В таком случае фамилия Дынена могла возникнуть у переселенца из этих мест, а окончание -а — результат русификации (сравните: поляк → поляка, но в фамилиях часто оставляли форму родительного падежа: Дынена = из Дына).

Третья, более спорная гипотеза — связь с еврейскими фамилиями, оканчивающимися на -ен (например, Дынен из идиш «дин» — суд, тяжба). Однако без документальных подтверждений эта версия остается предположением.

Самое интересное в фамилии Дынена — её суффикс. В русской ономастике фамилии на -ен (а не -ин или -ов) встречаются редко и часто указывают на украинское или белорусское происхождение, где -ен- — это уменьшительный или патронимический суффикс (как в фамилиях Ковален, Бондарен, но с усечением конечного -ко). То есть предок Дынена мог быть «маленьким Дыней» или «сыном Дыни» в диалектной форме.

Географически фамилия встречается в основном в западных регионах России, на Украине и в Беларуси. В дореволюционных переписях XIX века носители фамилии Дынена фиксировались в Могилевской и Витебской губерниях, что подтверждает её западнорусские корни.

Таким образом, скорее всего, фамилия Дынена — это русифицированная форма украинского или белорусского прозвища Дыня (шумный человек) с патронимическим суффиксом -ен, либо топонимическая фамилия от названия места.