Фамилия Дынер — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, возникло не из русского, а из немецкого или идишского корня. Если отбросить очевидные, но маловероятные версии (вроде «дыня» с искажённым суффиксом), то основа фамилии — немецкое слово diener, которое переводится как «слуга», «прислужник», «лакей» или «служитель» (в церковном или судебном смысле). В восточноевропейских местечках, где жили носители идиша, «динер» (דינער) могло означать и просто работника по найму, и человека, прислуживающего в синагоге — шамеса (синагогального служку). Так что предок современного Дынера мог быть либо наёмным работником в немецкой среде, либо служителем при еврейской общине.

Словообразовательная модель проста: основа Diener (через немецкое посредство) + нулевой суффикс, типичный для фамилий, заимствованных из западных языков без русификации. Суффикса -ов/-ин здесь нет, что указывает на позднее оформление фамилии — скорее всего, в XIX веке, когда в Российской империи еврейскому населению в обязательном порядке присваивали фамилии, и многие брали их по профессии или прозвищу. В отличие от крестьянских фамилий на -ов, такие «голые» основы (Дынер, Шнайдер, Циммерман) — маркер ашкеназского происхождения.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи (Волынская, Подольская, Киевская) и к Царству Польскому. Встречается и в современной Беларуси, и в Украине. Интересно, что написание «Дынер» с буквой «ы» — это адаптация немецкого «ie» (которое читается как долгое «и») под восточнославянскую фонетику: в говорах, где не было мягкого «и» перед согласным, звук передавали как «ы». В польском варианте фамилия выглядела бы как Dyner.

Родственными по корню можно считать фамилии Динер, Дайнер, а также менее очевидные — Тинер, Динерман (с добавлением «-ман» — человек). Спорных версий, кроме «дыня», практически нет: попытки связать Дынера с русским диалектным «дындер» (болтун, пустомеля) выглядят натяжкой, так как у этого слова нет устойчивой фамильной традиции. Правдоподобнее всего — немецкий след, закреплённый в черте оседлости.