Фамилия Дыненко звучит на украинский лад, и это первая зацепка. Суффикс -енко — типичный для восточной Украины, он указывал на происхождение по отцу: Дыненко значит «сын Дыни» или «маленький Дыня». В основе лежит прозвище Дыня — так в народе могли называть человека круглого, полного, невысокого, с мягким характером или, наоборот, с крупной головой. Сравните с фамилиями Дынин, Дынов, Дыня — все они вышли из одного корня.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «дынуть» (дунуть, дохнуть) в южнорусских говорах. Тогда прозвище Дыня могло достаться человеку, который быстро заводился с пол-оборота, «дышал жаром» или был порывистым. Однако в словообразовательной цепочке «дынуть → Дыненко» суффикс -енко выглядит искусственно: украинские фамилии редко строят от глагольных основ без промежуточного имени. Так что версия с «дыней»-овощем остаётся основной.

География фамилии подтверждает украинский след. Дыненко встречается прежде всего в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. В Российской империи такие фамилии долго оставались в крестьянском и казачьем сословии — без дворянских привилегий, но с чёткой привязкой к месту.

Интересная деталь: фамилия Дыненко — не только украинская, но и относительно редкая. В отличие от массовых Шевченко или Коваленко, она сохранила прозвищную свежесть. Носитель такой фамилии в XIX веке почти наверняка происходил из семьи, где деда или отца прозвали Дыней за внешность или нрав, и это прозвище закрепилось официально при введении метрических книг.

Если искать однокоренные параллели, стоит вспомнить фамилию Дынин — она образована по русской модели (-ин) и указывает на того же предка, но в северных губерниях. Дыненко же — маркер юго-западного корня, и в этом его ценность для генеалогического поиска.