Фамилия Дюльденко звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. В основе, скорее всего, лежит не славянский корень, а тюркское или, что более вероятно, кавказское прозвище. Суффикс -енко — классический украинский патронимический формант, означающий «маленький» или «сын кого-то». Таким образом, фамилия образовалась на территории Малороссии (современной Украины) от прозвища первопредка.

Самая правдоподобная версия связывает основу Дюльд- с тюркским словом dülger или dülgär — «плотник», «столяр». Это слово широко распространено в крымскотатарском, турецком и других тюркских языках. В украинской среде, особенно в южных и восточных регионах, где были сильны тюркские и кавказские влияния, такое прозвище могли дать пришлому ремесленнику, пленнику или просто человеку, занимающемуся плотницким делом. Фонетически дюльгер легко сократилось до Дюльда (или Дюльдо), что и стало основой фамилии.

Есть и менее вероятная, но возможная версия — от кавказского имени или прозвища Дюльди, которое встречается в лезгинских языках. В таком случае фамилия могла принадлежать потомку выходца с Северного Кавказа, который осел в украинских землях. Без специальных генеалогических изысканий отличить эти версии сложно, но обе указывают на южное, степное происхождение рода.

Примечательно, что фамилия Дюльденко практически не встречается в центральных и северных областях России. Её основной ареал — юг Украины (Запорожская, Херсонская, Донецкая области) и прилегающие регионы России (Краснодарский край, Ростовская область). Это косвенно подтверждает версию о бытовании прозвища в зоне контакта с тюркскими народами. Носители фамилии, скорее всего, были потомками казаков, крестьян или ремесленников, получивших своё родовое имя по занятию или этническому происхождению предка.