Фамилия Дюпин — это типичная русская фамилия, образованная от личного прозвища через суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Дюпин — «сын Дюпы» или «человек из рода Дюпы». Само прозвище Дюпа — неоднозначное, и у него есть несколько версий происхождения, от вполне прозрачных до неожиданных.

Самая вероятная версия связывает прозвище с украинским «дупель» — так называют небольшую болотную птицу с длинным клювом и пёстрым оперением. В народной традиции такие «птичьи» прозвища давали не столько за внешнее сходство (длинный нос, низкий рост), сколько в охранительных целях: считалось, что имя животного или птицы защитит ребёнка и передаст ему природные качества — ловкость, скрытность или выносливость.

Менее очевидная, но любопытная гипотеза выводит Дюпу из английского «dupe» — «простофиля, несообразительный человек» или, наоборот, «обманывать, ловчить». В этом случае прозвище могло отражать характер: простодушный и наивный либо, напротив, хитрый и изворотливый. Однако прямое заимствование из английского в русские прозвища XV–XVI веков маловероятно, так что эта версия скорее умозрительная.

Самая бытовая версия — от украинского «дупа» в значении «ягодица». Так могли прозвать полного человека или просто дать шутливое бытовое прозвище. Такие «телесные» прозвища на Руси были обычным делом и не несли оскорбительного оттенка.

Прозвище Дюпа известно с XV века: в документах упоминается Семен Игнатьевич Дюпа Плещеев, представитель известного боярского рода. А фамилия Дюпин фиксируется уже в XVI веке в разных слоях общества. Например, Игнат Дюпин — московский боярский сын (1526 год), и он же, вероятно, Игнатий Дюпин — дьяк, писец Московского уезда (1547 год). Это редкий случай, когда мы видим одного человека в двух ипостасях: сначала как сына боярского, а позже как дьяка, что говорит о его служебном росте и грамотности. Фамилия Дюпин, таким образом, уже в XVI веке не была крестьянской или простонародной — её носили люди, причастные к государственному управлению и письменности.