Фамилия Джагафаров образована от имени Джагафар, диалектного варианта мужского тюркского имени Джагфар, которое в переводе с арабского означает «ручей, родник, речушка». Таким образом, потомок человека, которого звали Джагафар, со временем получил фамилию Джагафаров.