Фамилия Джагафаров образована от арабского имени Джагфар (диалектный вариант — Джагафар). В переводе с арабского это имя означает «ручей», «родник» или «речушка». В основе лежит не прозвище и не ремесло, а личное имя, которое в тюркской среде давали мальчикам, желая им жизненной силы и чистоты — как вода в роднике.

Фамилия строится по стандартной для русского языка модели: к основе Джагафар прибавляется суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Джагафаров — буквально «потомок Джагафара» или «сын Джагафара». Такая модель образования типична для фамилий, возникших в среде тюркских народов, но оформленных по русскому образцу — это произошло в XIX–XX веках, когда у многих народов Российской империи появилась потребность в документах и паспортах.

Имя Джагфар (и его вариант Джагафар) восходит к арабскому корню, связанному с водой и течением. В исламской культуре имена с таким значением ценились за поэтичность и благозвучие. Стоит отметить, что в разных тюркских языках имя могло звучать по-разному: у татар, башкир, азербайджанцев встречаются формы Джагфар, Жагфар, Джафар. Фамилия Джагафаров — одна из производных, закрепившая именно диалектный вариант.

Географически фамилия чаще всего встречается в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Азербайджане, а также среди татарской диаспоры. Встречаются и однокоренные фамилии — Джагфаров, Джафаров, Жагфаров. Разница в написании объясняется особенностями местных говоров и записи имени в документах.

Таким образом, фамилия Джагафаров — не про профессию или внешность предка, а про его имя. Носитель фамилии — потомок человека, которого звали Джагафар, то есть «родник».