Фамилия Джанкишиев — редкий пример того, как восточное имя, пройдя через русскую фамильную модель, закрепилось на Кавказе. В основе лежит тюркское или кавказское составное имя Джанкиши (Джан-Киши). Первая часть «джан» (jan) в тюркских языках означает «душа», «дорогой», «любимый» — это ласковое обращение, часто входящее в состав личных имён. Вторая часть «киши» (kişi) переводится как «человек», «мужчина». Таким образом, Джанкиши — это «дорогой человек» или «любимый мужчина». Имя могло быть как личным, так и прозвищем, данным в знак уважения или нежности.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й (Джанкиши → Джанкишиев). Это типичный случай для XIX–XX веков, когда народы Северного Кавказа и Закавказья, не имевшие наследственных фамилий в европейском понимании, получали их при документальном учёте: к имени отца или деда добавляли русский суффикс, означающий принадлежность («сын Джанкиши»).

Географически фамилия тяготеет к Азербайджану и Дагестану, где тюркские (азербайджанские, кумыкские) имена с компонентом «джан» широко распространены. Встречаются также носители среди народов, испытавших влияние тюркской культуры. В русском написании возможны варианты: Джанкишиев и Джанкишов (с усечением конечного гласного), но первая форма — более точная, так как сохраняет исходное имя.

В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, которые восходят к крестьянским или ремесленным прозвищам, Джанкишиев изначально несёт в себе личное имя с положительной, даже ласкательной семантикой. Это не ремесло и не место жительства, а прямое указание на то, что предка звали «дорогим человеком». Сословной привязки нет: фамилия могла появиться и у горского крестьянина, и у представителя знати — всё зависело от того, кто и когда проходил перепись.