Фамилия Джаубаев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с корня, который сразу отсылает нас к кавказскому региону. В основе лежит имя или прозвище Джаубай. Первая часть, «джау», восходит к тюркскому слову со значением «война» или «враг» (ср. карачаево-балкарское «джау» — враг, неприятель). Вторая часть, «бай», — распространённый тюркский титул, означающий «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, Джаубай — это буквально «военный господин» или «вражеский богатырь». Скорее всего, так могли прозвать воина, предводителя отряда или человека сурового, воинственного нрава.

Фамилия образована по стандартной для тюркских народов модели: к имени Джаубай прибавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Такое оформление характерно для фамилий, которые закрепились в XIX–XX веках у народов Северного Кавказа, особенно у балкарцев и карачаевцев, а также у осетин и некоторых групп кумыков. В этих культурах при получении официальных документов (паспортов, метрик) к родовому имени отца добавляли русское окончание, превращая отчество в наследственную фамилию.

Географически фамилия Джаубаев плотнее всего привязана к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и среди казахов, но там корень «жау» (враг) в сочетании с «бай» даёт ту же семантику, хотя написание может быть иным — Жаубаев. Для кавказских Джаубаевых характерна принадлежность к определённым родам (тейпам), где имя Джаубай могло быть не личным прозвищем, а именем легендарного предка-основателя.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, которые образованы от христианских имён, Джаубаев сохранил ярко выраженный доисламский тюркский пласт. Имя Джаубай не содержит арабских корней, что указывает на его древнюю, родовую основу, восходящую к временам военной демократии тюркских племён. Носитель этой фамилии может с высокой вероятностью проследить свои корни до горских обществ Центрального Кавказа, где имя предка звучало как грозное прозвище, данное за боевые заслуги.