Фамилия Джаутханова — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа сращена с русским патронимическим суффиксом. Она образована по стандартной модели: к мужской форме Джаутханов добавили окончание -а, обозначающее принадлежность женщине (жене или дочери). Сама мужская фамилия Джаутханов — это русифицированная версия тюркского имени или прозвища Джаутхан.

Корень здесь двойной: первая часть «джаут» (или «джау») восходит к тюркскому слову со значением «враг», «неприятель» (в карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском языках). Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя, князя. Составное имя Джаутхан могло означать «хан-враг» или «враждующий хан» — такое имя давали с пожеланием воинской доблести или как оберег, чтобы отпугнуть злых духов. Встречается и более мирная версия: «джаут» могло быть искажением от «джаухар» («драгоценность»), но это менее вероятно для северокавказского ареала.

Географически фамилия Джаутхановы привязана к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. У балкарцев и карачаевцев сложилась традиция образовывать фамилии от личных имён с помощью русского суффикса -ов/-ев после вхождения региона в состав Российской империи. Таким образом, Джаутхановы — потомки человека по имени Джаутхан, который, судя по титулу в имени, мог принадлежать к местной знати или военному сословию.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ин указывает на принадлежность к матери (например, Марьин), здесь последовательно проведена патриархальная модель: сначала мужская форма на -ов, потом женская на -а. Фамилия не имеет отношения к еврейской или славянской антропонимике, несмотря на внешнее сходство с некоторыми арабскими именами. Её носительницы — потомки балкарских или карачаевских узденей (свободных общинников) или князей, чьи имена зафиксировали в метрических книгах в XIX веке.