Фамилия Джаутханов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Джаутханов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Джаутханов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Джаутханов образована от мужского имени Джаутхан, которое восходит к двум основам. Первая из них, имя Джаут, вероятно, является вариантом арабского имени Джаудат, которое означает «превосходство, отсутствие любых недостатков, изъянов»; «щедрость, широта души». Вторая часть — древнетюркское имя Хан, которое переводится на русский язык как «повелитель, властелин». Его давали ребенку (мальчику) с пожеланием ханской власти и богатства. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Джаутханов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Джаутханов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.