Фамилия Джексенов — один из редких примеров, когда русская модель образования фамилии накладывается на иноязычную основу. Вопреки возможному предположению, это не исконно русская фамилия и не вариант «Ексенова» или «Аксёнова». Её ядро — западное имя или фамилия, адаптированное к русской среде.

Основа «Джексен» восходит к английскому имени Jackson (буквально «сын Джека») или его скандинавским аналогам. В русском языке это имя или фамилия могли попасть через контакты с иностранцами — например, через обрусевших шведов, немцев или британцев, работавших в России. Суффикс «-ов» — типичный русский патронимический формант, который «обрусил» исходную форму: из «Джексон» сделали «Джексенов», подчинив её привычной модели склонения.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из среды, где иностранные фамилии русифицировали при записи в метрические книги. В XIX веке так могли записать сына иностранца (например, британского инженера или моряка), который крестился в православие. Альтернативная версия — искусственное происхождение: фамилию могли дать в духовном училище или семинарии, где ученикам нередко присваивали «благозвучные» иностранные фамилии, но для Джексенова это маловероятно из-за слишком конкретного английского корня.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она почти не фиксируется в дореволюционных справочниках, что говорит о её позднем закреплении или малом числе носителей. Сегодня Джексеновы живут в основном в крупных городах — вероятно, потомки тех самых обрусевших иностранцев, чья фамилия сохранила связь с западноевропейским источником.