Фамилия Джинибалаева — редкая и с почти прозрачной внутренней формой, уводящей в тюркский мир. В её основе лежит мужское имя Джинибала, которое представляет собой сложение двух корней. Первый — «джин» (арабское «джинн»), в тюркских языках означающее духа, нечистую силу, а иногда и «беса» или «чёрта». Второй — «бала», повсеместно в тюркских языках значащее «ребёнок», «дитя», «мальчик». Буквально Джинибала — «дитя джинна» или «рождённый от духа». Такие имена-обереги давали в прошлом, чтобы отвадить от ребёнка настоящих злых духов: считалось, что если назвать сына «джинновым отродьем», то нечисть примет его за своего и не тронет. Это распространённая практика у многих тюркских народов — имя-защита, имя-отпугивание.

Суффикс -ев (в женском варианте -ева) указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Фамилия Джинибалаев (а Джинибалаева — женская форма) возникла в среде, где предки переходили на русское делопроизводство и получали фамилию по имени отца: сын Джинибалы становился Джинибалаевым. Ареал фамилии, судя по данным современных переписей, сосредоточен в регионах с тюркоязычным населением: Дагестан, Чечня, Ингушетия, а также в соседних областях — Астраханской и Волгоградской. Встречается она и у казахов, ногайцев, кумыков, что подтверждает её обще-тюркский корень.

Интересно, что в некоторых тюркских диалектах слово «джин» могло означать не только духа, но и «бешеный», «необузданный». Тогда имя Джинибала могло пониматься как «шаловливый ребёнок», «озорник», что тоже было прозвищным именем. Однако версия с оберегом — основная и более убедительная, поскольку такие «страшные» имена — устойчивая антропонимическая традиция у многих народов от Поволжья до Кавказа.

Фамилия склоняется по обычным правилам русской грамматики: Иван Джинибалаев, Мария Джинибалаева, в родительном падеже — Джинибалаева, Джинибалаевой. Встречаются варианты написания с одной «л» — Джинибаева, но это уже иная, хотя и близкая по звучанию фамилия, образованная от имени Джинибай.