Фамилия Джонбеков — редкая для России, и её происхождение ведёт не в славянскую, а в тюрко-персидскую среду. В основе лежит имя или прозвище Джонбек, которое состоит из двух частей: «джан» (от персидского جان — душа, жизнь) и «бек» (тюркское — господин, князь). В буквальном переводе «Джанбек» значит «живая душа» или «милый господин» — ласковое обращение, которое со временем стало личным именем.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для многих нерусских фамилий на Кавказе и в Средней Азии: к основе добавили патронимический суффикс, означающий «сын» или «принадлежащий». То есть Джонбеков — буквально «сын Джонбека». Написание с буквой «о» в первом слоге (Джонбеков вместо Джанбеков) — результат адаптации в русской записи, где безударное «а» часто передаётся как «о» на письме, либо отражает местный диалектный говор.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские и иранские языки: Дагестан, Чечня, Азербайджан, а также народы Средней Азии (узбеки, таджики). Носители фамилии — потомки людей, которых в роду называли Джонбеком, вероятно, уважаемого старшины или зажиточного крестьянина. Сословно предки могли быть как из знати (бек — титул), так и из простых общинников: имя «Джанбек» давали не только по статусу, но и как пожелание душевной щедрости.

В отличие от фамилий на -ев или -ин, которые часто указывают на профессию или внешность, Джонбеков — яркий пример «именной» фамилии, где застыло личное обращение. Похожие по структуре варианты — Джанбеков, Джанбекян, Бекджанов — встречаются редко, что делает Джонбекова уникальным маркером определённой родословной линии.