Фамилия Джонев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует отойти от привычной схемы «крестильное имя + суффикс». Сразу бросается в глаза корень «Джон». В русской традиции фамилий на -ев, -ов этот корень — явный иностранец. Самая вероятная версия: основа восходит к английскому имени John (Джон), которое через посредничество Библии или культурных контактов попало в среду, где фамилии образовывали по русской модели. То есть Джонев — это «сын Джона», «из рода Джона». Суффикс -ев здесь работает так же, как в фамилиях Иванов, Петров, но приставлен к нерусскому имени.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с осетинским или тюркским миром. В осетинском языке есть имя Дзон (Джон), а также фамилии типа Дзонов, Джонов. Если предки были осетинами, то фамилия могла писаться как Джонев или Дзонов в зависимости от региона и эпохи. Однако написание через «е» (а не «о») сужает круг: в русских документах XIX века осетинские фамилии чаще фиксировали с суффиксом -ов (Дзонов), а вариант Джонев — более поздняя русификация или адаптация под великорусское произношение.

Географически фамилия Джонев встречается крайне редко, в основном на юге России и в Закавказье. В советских архивах можно найти единичные записи в Краснодарском крае и в Северной Осетии. Это говорит о том, что носители — скорее всего, потомки смешанных браков или выходцев из Британии, осевших в Российской империи (например, инженеров, моряков, учителей), либо представители народов Кавказа, чьё имя было записано через «Джон». Точнее определить происхождение без генеалогического исследования каждой конкретной ветви сложно: слишком мало данных для массовых обобщений.

Словообразовательная модель проста: основа «Джон» + патронимический суффикс -ев. Это указывает, что фамилию дали по отцу, которого звали Джон. Никаких дополнительных суффиксов вроде -ск- или -ин- здесь нет, что типично для фамилий, возникших в XIX–XX веках, когда русская модель уже устоялась и применялась к любым именам без оглядки на славянскую этимологию.