Фамилия Джони — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянской, а в иноязычной среде. Если отбросить очевидное английское имя Джонни (Johnny) или итальянское Джони (Gioni), то в русском контексте фамилия могла возникнуть как русифицированная форма грузинской фамилии Джонишвили или Джония. В Грузии корень «джон» означает «сердце» или «душа», а в составных фамилиях часто указывал на ласковое прозвище или род занятий. При переезде в русскоязычные регионы окончание могли отсечь, и фамилия закрепилась в кратком виде.

Другая версия ведёт к осетинским или абхазским корням, где «джон» — часть имени или прозвища, означающего «гость» или «чужак». В таком случае фамилия могла появиться у людей, которые пришли в русские земли из горных районов Кавказа в XIX–XX веках, и при записи в документы получили упрощённую форму. Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на позднее закрепление фамилии без адаптации под славянскую модель.

Встречается фамилия и у народов Средней Азии, где «джони» (jonim) — обращение «душа моя», но как фамилия она там нетипична. Скорее всего, в русском списке фамилий Джони — это результат паспортизации, когда носителя записали по имени отца или по прозвищу, не добавляя суффикса. Географически фамилия редкая, встречается в Москве, Санкт-Петербурге и на юге России, в регионах с кавказскими диаспорами. Однокоренных русских фамилий у неё нет, что подчёркивает её чужеродность для славянской системы.