Фамилия Дони — редкий для России случай, когда латинский корень и итальянская модель образования сошлись в одной фамилии. Её основа восходит к латинскому глаголу dono, что означает «дарить», «прощать, отпускать» или «отказываться ради чего-либо». Скорее всего, первоначально это было личное прозвище: так могли назвать человека за щедрость, добросердечие или самоотверженность. В отличие от многих русских фамилий, которые крепились к основе суффиксами -ов или -ин, Дони образована по иной, итальянской модели: прибавлением аффикса -i. Этот способ идёт от средневековой итальянской традиции идентифицировать семью по имени предка во множественном числе. Например, человека из рода Орманно (gli Ormanni) называли «messer Filippo degli Ormanni». Так и прозвище Дон(о) превратилось в фамилию Дони, указывающую на принадлежность к роду щедрого человека.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с географическим названием — деревней Дони (финск. Tonnila) в Гатчинском районе Ленинградской области. Эта привязка возможна, но слабее, чем прозвищная основа: латинский корень и итальянский суффикс образуют более стройную и типичную для западноевропейских фамилий картину.

Среди известных носителей — Антон Франческо Дони (1513–1574), итальянский писатель и социалист-утопист. В своём произведении «Миры» он описал идеальное общество, основанное на коллективной собственности, всеобщем равенстве и обязательном труде. Таким образом, фамилия Дони несёт в себе двойную память: о щедром характере предка и о ренессансной мечте о справедливом устройстве мира.