Фамилия Доний — редкий случай, где разбор начинается не с имени или профессии, а с воды. Скорее всего, в основе лежит прозвище Доний, а оно, в свою очередь, связано с гидронимом — названием реки Дон. Такая версия самая прямая: человека, жившего на Дону или переселившегося оттуда, могли прозвать Донским, а в краткой народной форме — Доний. Суффикс -ий типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ой/-ый (сравните Толстой — Толстый, Донской — Доний). Модель простая: основа «дон» плюс фамильный суффикс, указывающий на принадлежность.

Есть и другие гипотезы, но они слабее. Иногда прозвище Доний выводят из нарицательного «дон» — старого слова со значением «вода, река» (родственного осетинскому «дон»). Это логично, но избыточно: если прозвище уже связано с рекой Дон, отдельное упоминание того же корня ничего не добавляет. Совсем маловероятна версия об испанском «don» («господин»). Для славянской среды испанское обращение — чужеродное, и фамилии по такой модели у русских не складывались. Это позднее домысливание, не подкреплённое географией бытования фамилии.

Фамилия Доний — краткая, без типичных русских суффиксов -ов/-ев или -ин. Это указывает на её относительно позднее оформление или на то, что она закрепилась в форме прозвища. О точном времени и месте возникновения говорить сложно: процесс становления фамилий у славян растянулся на несколько веков, и такие «простые» формы могли появиться в разных регионах независимо. Однако ясно одно: перед нами памятник народной словообразовательной логике, где географическая привязка превратилась в родовое имя.