Фамилия Джонбобоева — редкий случай, когда русская патронимическая модель наложилась на имя, совершенно чуждое славянской традиции. С первого взгляда ясно: перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации восточного имени под русский грамматический строй.

Основа фамилии — мужское имя Джонбобо. Оно составное, типичное для иранских и тюркских языков Средней Азии (особенно таджикского и узбекского). Первая часть, «Джон», восходит к персидскому «джан» — душа, жизнь, дорогой. Вторая часть, «бобо», в тех же языках означает дед, старец, уважаемый человек, а также духовный наставник. Таким образом, имя Джонбобо можно перевести как «дорогой дед» или «живая душа-старец» — ласково-почтительное обращение, которое затем стало личным именем.

Русский суффикс -ев (после мягкого согласного) и окончание -а указывают на принадлежность: «Джонбобоева» — это дочь или жена человека по имени Джонбобо. Фамилия образована по стандартной для России модели, но при этом сохранила экзотическую основу. Встречается она почти исключительно у народов, исторически связанных с русским языком через советское прошлое: таджиков, узбеков, отчасти памирских народов. Географически — Таджикистан, Узбекистан, а также диаспоры в России.

Интересно, что в самой Средней Азии такая фамилия могла бы выглядеть иначе: например, Джонбобов (без окончания -а, для мужчин) или с местными суффиксами вроде -зода, -и. Русское окончание -ева выдает период, когда советская паспортная система русифицировала фамилии всех народов СССР, добавляя стандартные суффиксы. Поэтому Джонбобоева — не столько отражение древнего прозвища, сколько документ эпохи унификации.

Однокоренные фамилии — Джонбобоев (мужская форма), а также более редкие варианты с другим суффиксом: Джонбобов, Джанбобоев. Встречается и упрощенное написание через «а»: Джанбобоева, хотя это уже искажение исходного имени. Социальный контекст предков — скорее всего, оседлые земледельцы или ремесленники из Ферганской долины или предгорий Памира, где имя Джонбобо было распространено среди простых людей, а не знати.