Фамилия Джуган — одна из тех, что ставят перед исследователем сразу несколько вопросов, начиная с языка-источника. Согласно наиболее аргументированной версии, она восходит к монгольскому прилагательному «джуган» — «маленький». Это значение напрямую связывает фамилию с обрядовыми именами-оберегами: маленького, слабого ребёнка нарекали «маленьким», чтобы обмануть злых духов и уберечь от болезней. Такая практика была распространена у многих народов, но в данном случае корень указывает на монгольскую языковую среду.

Фамилия относится к алтайским по происхождению, но её география не ограничивается одним Горным Алтаем. Этимология, трудно объяснимая на почве собственно монгольских языков, заставляет предполагать более древнее, возможно, тюркское или иное иноязычное влияние. Позже, с распространением ламаизма, такие имена проникли в Предбайкалье — особенно в Аларь, где буддийское влияние было сильнее, чем в других ведомствах бывшей Иркутской губернии. Таким образом, фамилия Джуган — это не просто «маленький», а след сложного культурного обмена между монгольским, тюркским и бурятским мирами, закреплённый в семейном имени.