Фамилия Джунусалиев образована от личного имени Джунусали, которое, в свою очередь, восходит к более полной форме Юнусгали. Это составное имя популярно в мусульманской среде, особенно у тюркских народов, и строится по распространённой модели сращения двух корней. Первая часть — Юнус (в диалектном произношении Джунус) — восходит к имени библейского и коранического пророка Ионы (Юнуса). В древнееврейском языке слово «йона» означает «голубь», что придаёт корню символическое значение чистоты и смирения. Вторая часть — «гали» — арабское прилагательное со значением «высокий», «могущественный», «великий». Вместе имя Юнусгали (Джунусали) можно истолковать как «голубь, превосходящий всех» или «возвышенный, как пророк Юнус».

Фамилия Джунусалиев — это патроним, то есть «потомок Джунусали». Такой тип фамилий с суффиксом -ев (фонетический вариант -ов) характерен для русской адаптации тюркских имён в XIX–XX веках. В исходном языке, например в киргизском или казахском, та же фамилия звучала бы как Джунусалиев улы или Джунусалиев кызы, но при документальном оформлении в Российской империи и СССР закрепилась именно русифицированная форма с патронимическим суффиксом.

Географически фамилия Джунусалиев наиболее распространена среди народов Средней Азии — в первую очередь у киргизов и казахов, реже у узбеков. Встречается также в татарской и башкирской среде, но там более типичны варианты Юнусов или Галиев, без сращения двух корней в одно имя. Таким образом, Джунусалиев — редкий пример сложного патронима, сохранившего в основе цельное двусоставное имя, а не отдельно взятые Юнуса или Гали.