Фамилия Джусупгалиев происходит от личного имени Джусупгали — восточного составного имени, соединившего два корня из разных языковых традиций. Первая часть восходит к древнееврейскому «Юсуф» (в арабской передаче — Юсуп), что означает «получивший прибавку, дополнительные блага от Аллаха» или «обладатель красоты». Вторая часть — арабское прилагательное «гали» (великий, сильный, мощный). Вместе имя Юсупгали, а в казахской или киргизской огласовке — Джусупгали, трактуется как «тот, кто возвышен Аллахом над всеми». Родители, называя так сына, желали ему власти, могущества и высокого положения.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, характерной для оформления тюркских и арабо-персидских имен в документах Российской империи и Советского Союза. Встречается она преимущественно в среде казахов и киргизов, где имя Джусуп (форма Юсупа) широко распространено, а двусоставные имена с компонентом «гали» типичны для мусульманской ономастики Центральной Азии.

Безусловно, фамилия Джусупгалиев — памятник восточной культуры, но точное время и место её закрепления в документах установить без генеалогического исследования сложно: процесс перехода от имени к наследственной фамилии у разных родов проходил неравномерно и не всегда привязан к одной местности.