Фамилия Ефаненков — яркий пример того, как простонародное имя, пройдя через два поколения, превратилось в устойчивую фамилию. В её основе лежит имя Ефан — сокращённая, обиходная форма канонического имени Епифан. Греческое слово ἐπιφανής (epifanes) означает «видный, известный, знатный», но на русской почве это имя приобрело совсем другую окраску. На Руси Епифан считался именем простонародным, даже убогим: о бедняке говорили «Рад Епифан, что нажил серый кафтан». Ирония судьбы: имя, означающее «знатный», закрепилось за крестьянскими и мещанскими родами.

Словообразовательная модель фамилии необычна и выдает её позднее происхождение. Ефаненков — это отчество второго порядка, или «внучье» отчество. Сначала от имени Ефан образовали отчество Ефаненко (сын Ефана) — по украинской или южнорусской модели с суффиксом -енко. Затем, когда носитель этого отчества переселился в великорусские земли или попал под влияние северной традиции, к основе Ефаненко добавили типичный русский суффикс -ов. Итог: Ефаненков — буквально «сын Ефаненко», то есть внук Ефана. Такая двойная суффиксация — верный признак того, что фамилия сложилась не ранее XVII–XVIII веков, когда активно шёл процесс стандартизации русских фамилий.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались украинское и русское население: Брянская, Курская, Белгородская области, а также юг Смоленщины. Именно в этих краях фамилии на -енков встречаются особенно часто — как следствие миграции с Украины и адаптации местных прозвищ к московской делопроизводственной норме.

Встречаются варианты написания Ефаненков и Ефонанков, но первый — основной. Путаница могла возникать из-за акающего произношения, когда безударное «о» звучит как «а». Однако этимологически верно только написание через «а», так как оно восходит к имени Ефан, а не к гипотетическому Ефон.

Родственные фамилии — Ефанов, Ефаненко, Епанишников (от той же основы, но через другое прозвище). Все они ведут родословную от одного корня, но Ефаненков стоит особняком: его двойной суффикс выдает историю переселения и смены языковой среды в семье предков.