Фамилия Ефаненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок». В данном случае — «сын Ефана». Основа фамилии — просторечная форма канонического крестильного имени Афанасий. В украинской и южнорусской традиции имя Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный) часто сокращали до Опанас, Панас, а также Ефан. Форма Ефан возникла из-за характерного для восточнославянских говоров перехода начального «а» в «е» («Афанасий» — «Ефанасий» — «Ефан»).

Суффикс -енко указывает, что фамилия сформировалась в среде казачества и крестьянства Украины, особенно в левобережных и южных регионах. В XVII–XVIII веках эта модель стала доминирующей на территории Гетманщины и Слобожанщины, вытесняя более старые фамилии на -ович. Поэтому носители фамилии Ефаненко, скорее всего, происходят из Полтавской, Черниговской, Харьковской или Сумской областей.

Интересно, что фамилия Ефаненко не единственная в этом гнезде. Есть и другие, образованные от той же основы: Ефанов, Ефановский, Ефанкин, а также украинские Ефанюк, Ефанчук. Но форма на -енко стоит особняком — она самая массовая по распространению и указывает на то, что предок был не просто «Ефаном», а именно чьим-то сыном, то есть фамилия фиксирует родство по мужской линии в эпоху, когда патронимические прозвания только закреплялись за семьями.

В написании фамилии возможна вариативность: через «ё» (Ёфаненко) или через «е» (Ефаненко). В официальных документах чаще встречается второй вариант, так как буква «ё» в русском языке факультативна, а в украинском вообще отсутствует. Ударение в фамилии обычно падает на третий слог: Ефа́ненко, хотя в некоторых говорах может смещаться на второй.