Фамилия Екишкины — редкий пример финно-угорского следа в русском ономастиконе. Её основа — имя Екишка, коми-пермяцкая форма крестильного имени Иаким (церковнославянский вариант Иоакима). В переводе с древнееврейского это имя означает «Бог поставил, утвердил», а его небесным покровителем считался святой Иоаким — муж Анны и отец Богородицы, которого в православии называют богоотцом.

Главная особенность фамилии — суффикс -ин, который в русской модели присоединяют к основам на -а, -я: Екишка → Екишкин. Такая модель типична для фамилий, образованных от просторечных или уменьшительных форм крестильных имён. В случае с Екишкиными исходное имя прошло через коми-пермяцкую языковую среду, где звук «и» заменил начальное «ио», а суффикс -шк- придал имени ласкательный оттенок.

Существует и вторая версия, менее распространённая: фамилия могла возникнуть от прозвища Екишка, восходящего к древнетюркскому слову «екиш» — «никто». В тюркской среде так могли назвать чужака, человека вне рода или клана. Эта гипотеза объясняет фамилию как социальную метку, но уступает первой по убедительности: во-первых, на территории расселения коми-пермяков тюркские влияния слабее, чем финно-угорские, а во-вторых, имя Иаким было широко распространено в православном календаре, что естественнее для появления фамилии.

О точном времени и месте возникновения фамилии Екишкины данных нет — процесс становления фамилий на Урале и в Прикамье растянулся на несколько столетий, а письменные источники по коми-пермяцким поселениям сохранились фрагментарно. Ясно одно: фамилия закрепилась в тех краях, где встречались православная традиция и коми-пермяцкий язык. Сегодня носители фамилии живут преимущественно в Пермском крае и соседних регионах, что подтверждает её северо-восточное происхождение.