Фамилия Екишевы в своей основе содержит имя Екиш — коми-пермяцкую форму крестильного мужского имени Иаким. В переводе с древнееврейского это имя означает «Бог поставил, утвердил», а его небесным покровителем считается Святой Иоаким, муж святой Анны и отец Богородицы, которого в православной традиции называют богоотцом. Именно эта версия — от канонического имени через местную народную форму — выглядит наиболее убедительной, так как хорошо вписывается в модель образования финно-угорских фамилий от крестильных имён.

Есть и другая гипотеза: прозвище Екиш могли дать чужестранцу или человеку вне рода, поскольку в древнетюркском языке слово «екиш» означает «никто». Но эта версия менее распространена, и большинство исследователей склоняются к первой — от имени Иаким.

Сам суффикс -ев указывает на принадлежность: Екишев — буквально «сын Екиша» или «потомок Екиша». Такая модель типична для фамилий, возникших на северо-востоке европейской части России, в зоне контакта славянских и финно-угорских народов.

Известный носитель фамилии — Юрий Анатольевич Екишев, родившийся 6 апреля 1964 года в Сыктывкаре. Он современный русский коми писатель, драматург и сценарист, а также математик, политический и религиозный деятель. Его биография подтверждает связь фамилии именно с коми-пермяцкой и коми-зырянской средой.

Точное время возникновения фамилии Екишев установить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на столетия, и документальные свидетельства по этой фамилии пока не собраны в единую картину. Тем не менее, она остаётся заметным памятником финно-угорской письменности и культуры, в котором переплелись православная традиция и местные языковые особенности.