Фамилия Екишкин образована от имени Екишка, которое является коми-пермяцким вариантом крестильного мужского имени Иаким. Это имя в переводе с древнееврейского языка означает «Бог поставил, утвердил». Одним из покровителей этого имени считался Святой Иоаким. В православной традиции муж святой Анны и отец Богородицы, которого также называли богоотцом. По другой версии, фамилия Екишкин ведет свое начало от прозвища Екишка, которое восходит к древнетюркскому слову «екиш». На русский язык оно переводится как «никто». Возможно, что это прозвище получил чужестранец или тот, кто не относился к тому или иному роду, клану. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Екишка, со временем получил фамилию Екишкин.