Фамилия Екишкина — женская форма, а её мужской вариант Екишкин. В основе фамилии лежит имя или прозвище, и здесь есть несколько версий, но все они сходятся к одному корню — Екиш.

Самая вероятная версия: Екиш — это просторечная, обиходная форма крестильного имени Иакинф. Иакинф — имя греческого происхождения, означающее «гиацинт» (цветок). В русской народной традиции длинные и редкие церковные имена часто сокращали до неузнаваемости: Иакинф превращался в Акинф, Акиня, а затем и в Екишу или Екиша. Модель образования простая: к основе Екиш- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Екиша). Так что Екишкин — буквально «потомок Екиши».

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую приводят некоторые исследователи русских фамилий: Екиш мог быть формой имени Евтихий (греч. «счастливый», «удачливый»). В народе Евтихия называли Етиш, Екиш. Эта версия тоже имеет право на существование, но первая — с Иакинфом — встречается в ономастических работах чаще.

Суффикс -ин в фамилии Екишкин — классический для северных и центральных земель России. Такие фамилии (с окончанием -ин) обычно возникали в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства, которое чаще носило фамилии на -ов/-ев. Поэтому предки Екишкиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из центральных или северных губерний.

Фамилия редкая. Встречается в современных базах данных в основном в Поволжье (Нижегородская область, Татарстан) и на Урале. Если ваши предки носили эту фамилию, то с большой вероятностью они жили в этих краях и вели крестьянское хозяйство. Ударение в фамилии, судя по правилам русского языка, падает на второй слог: Еки́шкина.