Фамилия Епишкины — одна из тех, что хранит память о простонародном имени, почти забытом сегодня, но бытовавшем в крестьянской среде несколько веков. Её основа — форма Епишка, которая, в свою очередь, восходит к каноническому крестильному имени Епифан. Греческое «епифанес» переводится как «видный, знатный, известный» — ирония судьбы в том, что носители имени в массе своей были простыми людьми, а не знатью.

Имя Епифан в деревнях было настолько распространено, что породило поговорку: «Рад Епифан, что нажил серый кафтан». Уменьшительная форма Епишка — типичный пример народной переработки церковного имени: усечение и добавление суффикса -ш(а) делало имя более привычным для повседневного обихода. Точно так же из Иосифа получался Осип, а из Епифана — Епишка.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Епишк- добавили суффикс -ин, обозначающий принадлежность («чей?» — Епишкин сын, Епишкины дети). Со временем форма множественного числа — Епишкины — закрепилась как родовое прозвание всей семьи. Такие фамилии на -ин/-ын типичны для северных и центральных областей России, где они вытеснили более южные -ов/-ев.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс шёл несколько столетий, и Епишкины могли появиться одновременно в разных губерниях. Но одно можно сказать наверняка: предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а само имя Епифан давали мальчикам в надежде, что те вырастут «видными» — хоть и не в богатстве, так в здоровье и стати.