Фамилия Елегин образована от прозвища Елега, которое в некоторых русских говорах означало «еловый лес» или «еловый кол». Скорее всего, прозвище указывало на место жительства предка — рядом с ельником или на то, что он занимался заготовкой елового леса. Примечательно, что в северных и сибирских диалектах слово «елега» могло также относиться к болотистой местности, поросшей елью, — это добавляет возможную региональную привязку к Вологодчине или Архангельской области.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Елег- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Елеги). Это типичная патронимическая форма, распространённая в центральной и северной России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще встречается у основ, оканчивающихся на -а или -я, что и дало форму Елегин.

Встречаются и альтернативные версии: иногда «елегой» называли не только лес, но и кривое, суковатое дерево, которое использовали для изготовления кольев или жердей. В таком случае прозвище могло относиться к человеку с грубой, неуклюжей фигурой или к плотнику, работавшему с еловыми брёвнами. Однако первая версия — по месту жительства — выглядит более правдоподобной, так как географические прозвища в русской ономастике встречаются чаще.

Однокоренных фамилий немного: Елегин стоит в одном ряду с Еловым, Ельниковым, но отличается редкой основой. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует «Елега» как распространённое имя или прозвище, что говорит о локальном, диалектном происхождении. Так что носители фамилии Елегин, скорее всего, ведут род из мест, где еловые леса были характерной приметой ландшафта — например, из-под Устюга или с Вятки.