Фамилия Елисафенко — характерный пример украино-белорусской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в этих регионах, буквально означает «сын» или «потомок», поэтому Елисафенко с самого начала понималось как «сын Елисафа». В основе лежит не полное крестильное имя Елисей, а его производная, народная форма — Елисаф. Само имя Елисей пришло из древнееврейского и означает «спасенный Богом».

Такая словообразовательная модель интересна тем, что показывает, как в быту имена сокращали и адаптировали. Полная форма Елисей дала несколько вариантов: Елис, Елиса, Елисаф. Форма Елисаф, скорее всего, возникла под влиянием других библейских имён на -саф (например, Иосаф), что делало звучание более привычным для украинской и белорусской речи.

По географии фамилия Елисафенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу Беларуси. В России она встречается реже, обычно в тех регионах, куда в разное время переселялись выходцы с Украины. Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — фамилия не указывает на аристократическое происхождение, а лишь фиксирует имя отца по отчеству.

Если сравнивать Елисафенко с однокоренными фамилиями, то интересно, что варианты Елисеев и Елисеенко распространены шире, а форма с корнем «Елисаф» — более редкая и локальная. Она сохранила архаичный вариант имени, который в официальных документах почти не встречается, но в народной среде бытовал столетиями.