Фамилия Еллинский — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с этнонимом «эллин» (грек), хотя лежит на поверхности. В русской ономастике фамилии на -ский обычно образовывались от географических названий, а не напрямую от этнических прозвищ. Скорее всего, в основе лежит название населённого пункта — например, Еллино, Еллинка или похожий топоним. Такие названия встречаются в центральной России, и происходят они, как правило, от имени или прозвища владельца: Еля, Елля — это уменьшительные формы от Елисей, Елизар, Елевферий или даже от просторечного Елфим (Евфимий). Цепочка выглядит так: человек по имени Еля или с прозвищем Елла основал хутор или деревню — поселение назвали Еллино — выходец оттуда получил фамилию Еллинский.

Суффикс -ский указывает на дворянское или, как минимум, служилое происхождение: в XVI–XVII веках такую модель присваивали детям боярским и однодворцам, владевшим землёй, по названию поместья. Это не крестьянская фамилия вроде Еллин или Еллинов (с суффиксом -ин, указывающим на прямую принадлежность отцу). Еллинский — «тот, кто из Еллина», с акцентом на место, а не на отчество.

Есть и вторая версия, более спорная: фамилия могла возникнуть в семинарской среде. В духовных училищах XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии по греческим корням — Эллинский, Афинский, Иерусалимский. Но в таком случае форма была бы через «Э» (Эллинский), а не «Е». В метрических книгах XIX века фиксируется именно Еллинский, с начальным «Е», что крепче привязывает фамилию к бытовому, а не книжному источнику.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям — Курской, Орловской, Тамбовской. В этих краях было много однодворческих поселений, где фамилии на -ский — обычное дело. Встречается она редко, и носители, скорее всего, происходят из одного или двух родов, разошедшихся по стране в XIX–XX веках.