Фамилия Ельникова образована от именвания Ельник, которое восходит к аналогичному нарицательному со значением «еловый лес». Вероятно, предок-родоначальник рода Ельниковых жил вблизи елового леса, за что и получил соответствующее прозвище. Нельзя исключить, что именование Ельник было мирским нецерковным именем. В славянской мифологии известен персонаж по имени Елиня (от слова «ель») - богатырь, который служит Перуну и другим богам, олицетворяющим силу природы. Древние славяне считали, что хвойный запах выгоняет из дома всякую мелкую нечисть. Вероятно, именование Ельник давалось ребенку в качестве оберега от злых духов. Однако фамилия Ельникова могла быть образована от крестильного имени, начинающегося на ел-: Елисей – «спасенный Богом» (древнееврейское имя), Елизар – «Бог помог» (древнееврейское имя), Елевферий – «свободный» (греческое имя) или Елпифидор – «несущий надежду» (греческое имя) и их производных форма Еля, Ельша и других. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ельник, со временем получил фамилию Ельникова.