Фамилия Ельниковы (в мужском роде — Ельников) образована от прозвища или имени предка. Самое прямое объяснение — связь со словом «ельник». Человек мог получить прозвище Ельник, если жил у елового леса или в самой чаще. Такие «топографические» прозвища были распространены на Руси: они сразу указывали, где стоит дом, и не требовали дополнительных пояснений. Однако это не единственная версия.

Словообразовательная модель проста: к основе «ельник» добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ельника» или «из семьи Ельника». Фамилии на -ов типичны для центральной России и северных областей, и Ельников — одна из них. Но корень «ел-» мог прийти и из крестильного имени. Среди мужских имён, начинающихся на «Ел-», особенно популярны были Елисей («спасённый Богом»), Елизар («Бог помог»), а также более редкие Елевферий («свободный») и Елпифидор («несущий надежду»). В быту их сокращали до уменьшительных форм Еля, Ельша, Елька. От такой домашней формы вполне могла возникнуть фамилия Ельников — то есть потомок Ели или Ельши. Эта версия не менее правдоподобна, чем «лесная», потому что в русской ономастике много фамилий, образованных от сокращённых канонических имён.

Процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий. В XV–XVI веках их начали передавать по наследству сначала в среде служилых и богатых людей, а позднее — у крестьян и горожан. Когда именно появилась фамилия Ельников, сказать точно нельзя: архивные данные по конкретному роду обычно требуют отдельного генеалогического поиска. Можно лишь утверждать, что её носители жили в регионах, где еловые леса были обычным ландшафтом, — например, в северных и центральных губерниях России.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ельнин, Ельцов, Елькин) показывает, что все они строились по одной модели, но с разными суффиксами. Ельников выделяется именно суффиксом -ов, который типичен для полных, «взрослых» фамилий, а не для прозвищных форм на -ин или -их. Это косвенно указывает на то, что прозвище Ельник было устойчивым и официальным, а не только домашним.

В итоге фамилия Ельниковы может вести родословную как от лесного прозвища, так и от церковного имени в бытовой форме. Обе версии имеют право на существование, и без конкретных документов по семье выбрать одну из них невозможно.