Фамилия Елтарев образована от прозвища Елтарь, которое восходит к нарицательному «алтарь» с характерной для «екающих» говоров заменой начальной гласной «а» на «е». Алтарем называют часть храма, предназначенную для священнослужителей и отделенную от средней части иконостасом; в нем находится престол с крестом и Евангелием, а под престолом полагается часть святых мощей — в воспоминание древнехристианского обычая совершать литургию на гробницах мучеников. В более широком смысле алтарь — символ божества и место, где располагаются священные предметы, обычно сооруженное из природных материалов в святых местах: на полянах, у ручья, в роще.

Распространенное мнение, что у древних народов алтарь был местом жертвоприношений, не совсем точно: жертвы приносили на специальных жертвенниках, а совмещение алтаря и жертвенника встречалось редко, в основном у античных греков и семитских народов. В русской традиции прозвище Елтарь могло закрепиться за человеком, неукоснительно исполняющим церковные обряды, либо за тем, кто жил или служил у алтаря. Модель образования фамилии проста: к основе Елтарь добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. Со временем именование Елтарь стало основой фамилии, и потомок получил фамилию Елтарев.